1274年，秋。 一艘流放船在暴风雨中驶向对马。目的地是流放地对马。御家人宗助国的女儿－辉日姬在对马迎接了流放船。 之后举行了接风宴，而在宴席上，流人们知道了一件可怕的事。从高丽出发的蒙古高丽大军，正向日本前来，而这些流人们，就将被送上战争的最前线，成为守护对马的军队人员。 “为了对马，请你们牺牲吧”辉日姬冷漠地对流人们说
伴随着“空间震”这一前所未有的灾害，出现了一些称为“精灵”的神秘少女，对于拥有压倒性力量、被称为灾难的她们，数十年间，人类从未停止对抗她们的步伐。人类通常采取的措施是用武力来歼灭她们，或者是——“与其约会，使其娇羞”！让精灵娇羞，再通过“接吻”即可封印其力量，并转化为自己的力量。拥有这种能力的高中生五河士道，为了人类的和平，也为了拯救精灵们，从而展开了和她们之间的“约会”。士道平时要抑制曾将精灵们卷入斗争的强大灵力，有时为了保护她们也会使用这股力量，通过这样的方式，士道把夜刀神十香等精灵们一次次从危机中解救出来，人类和精灵之间的关系以及处理方法也在悄然改变……同时，也有一些组织使用与士道所在的”拉塔托斯克“不同的手段，与精灵们对峙。短暂的平静即将被打破，士道等人的战争（约会）又要开始了——
大学的新学期伊始。 心无杂念头脑里只想着如何改良自己做的无人机，KAKA的单单在热闹非凡的各大社团招新人海中略显得有些格格不入。 在单单从校舍后方的广场向延绵海岸扔出飞碟进行无人机KAKA的捕捉测试时因为海风的影响飞碟不小心飞到了一名女生的身上。 这突如其来的事故，却变为了使原本有些自闭的单单逐渐成长的契机。
夕丛雾香（桑岛法子 配音）是一名失去了记忆的少女，她的所有家当除了手枪和怀表，就是那仿佛是天生一般的杀手的敏锐和直觉。在一次行动中，雾香成为了杀手米蕾尤（三石琴乃 配音）的目标，但米蕾尤并没有下手，正相反，她们两人组成了杀手组合“NOIR”，与邪恶又强大的科西嘉岛黑手党展开了斗争。为了找回遗失的记忆，雾香和米蕾尤开始了她们的行动，随着调查的深入，一个名叫“索尔达”的神秘组织浮出了水面。而当雾香的记忆逐渐恢复的同时，她发现，她和米蕾尤的关系并非表面上所看到的那么简单，两人之间有了越来越深的隔阂。与此同时，早已被定性为“叛徒”的两人，也遭到了索尔达高层派出的“骑士”的攻击。
