21世纪特种部队人员项少龙（古天乐 饰）决意要参加穿梭时空的研究，是为了要挽回自己的爱情。但由于时光机的数据出错，把少龙带到了战国时期。
华京生（黄秋生 饰）的母亲死后，父亲再娶了林莲好（吕有慧 饰）为妻，林莲好生下了华京生同父异母的弟弟华港生（吴岱融 饰）。华京生和家人的关系一直不好，在设计逼走林莲好之后，个性叛逆而又倔强的他和好友李劲泉（郑浩男 饰）一起前往台湾，加入了当地的黑帮。哪知道此时黑帮老大的情妇，正是他曾经的后母林莲好，而她的儿子鲁德培（郑伊健 饰）也在帮派之中。 那边厢，个性懦弱而又胆小的华港生为了证明自己的能力，成为了一名警察，进入了鲁德培领导的黑帮做卧底，而不知华港生真实身份的鲁德培，竟然爱上了自己同母异父的兄弟。
沉迷研究大脑的天才神经外科医生郑世玉（朴恩斌 饰），因一次严重纠纷被吊销医生执照，更被恩师崔德熙（薛景求 饰）背弃，两人从此反目成仇！而世玉更沦为黑市医生，从此将人命玩弄于手术刀之中。
故事紧接上一季结尾，被自由职业者 Freelancers 拘押的琪拉 Kiera 逃出牢笼并想尽一切办法阻止艾力克 Alec 改变历史去拯救艾米丽 Emily，时空交错，精彩纷呈！
