在第二次新吉翁战争、别名‘逆袭的夏亚’终结后，地球圈取得了短暂的和平。这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。和地球联邦政府有秘密协议，并依此发展的‘毕斯特财团’打算将过去用以威胁联邦的最高机密“拉普拉斯之盒”交给新吉翁的残党军“袖章”。
忍者神龟回来了！不过是电视剧。当神龟们被人类接受，并作为英雄进入高中时，他们现在面临着同时做两件事的压力。面对 1987 年电视剧中的原始反派，神龟们还必须与 Shredder 战斗。
