在他们家乡佛罗里达州杰克逊维尔的竞争和他们最初的 Queen Pin 去世之后，Lil Miller 和 Killer 退出了比赛，并将球队交给了他们的团队成员 Knowledge。他们现在经营着一家大型唱片公司，拥有自己的家庭，并成为了合法的 CEO。但是当悲剧降临到他们的旧团队，其中一名成员被枪杀时，整个团队失去了联系，并被悬赏。Lil Miller 和 Killer 必须回到家乡，完成他们开始的事情。镇上出现了一位新的 Queen Pin，她要复仇。
尊尼在回家不幸撞上十八轮的大货车，死里逃生，昏迷了五年，在桑恩维萨克大夫的治疗下，终于醒了。撞伤后的尊尼，变成有奇特的超能力，不但能预测护士家失火，也能看到大夫的过去，顿成镇上的风云人物。
罗宾·怀特饰演的律师Edee Mathis满怀悲伤，决定把自己的痕迹从社会中抹去。咨询了网络上的求生专家后，她“消失”去了美国最人迹罕至的地带之一：怀俄明州的肖松尼族国家森林。Mathis住在木屋里，学习自己打猎、捕鱼、种植，对抗当地严寒的冬天和残酷的地貌，以及会杀人的野兽。此时，她遇到了印第安人Joseph，为此，她开始直面内心的恶魔，并惊讶地发现，自己的求生意志其实比想象的强烈。
东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。
知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。
