该剧集延续上一部《金光御九界之墨武侠锋》，讲述了墨乱祸世，九界濒危，墨家九算野心逐一浮现，俏如来等人如何一阻墨乱；另一边，佛门变劫再临，紫金钵之秘将揭开千年圣战，九界之一的佛界天门与地门之间再起冲突！
结城頼（森久保祥太郎 配音）和结城郁（中原麻衣 配音）是一对双胞胎兄妹，感情十分要好的两人甚至在童年时期许下了结婚的懵懂诺言。可是，随着年岁的增长，郁发现曾经温柔的頼对自己的态度越来越冷淡，着让她感到十分的疑惑。 頼和一直追求自己的女生楠友华（川上伦子 配音）开始了交往，但这更让他感受到对妹妹的无法遏制的感情。同时，哥哥交女朋友的消息也让郁开始逐渐正视起了自己心中的不安和骚动，几经波折，兄妹二人终于相互吐露的心声。然而，这是一段注定要受到斥责和诅咒的爱情，世界如此之大，却也容不下小小的，相爱的两人。在痛苦和绝望之中，兄妹二人会做出怎样的选择呢？
这是和数个怪异交织在一起的微不足道的友情和别离的故事。 返老还童的怪异“月读的变若水”，绝对不能读出声来的“异界之歌”， 来路不明的书不知不觉间排列在书架上“逆偷盗的本”， 神隐的实况记录报告“仙境异闻”···首都范围内的某个中心车站， 这个小镇究竟在发生著什么…… 残留在令和世上最后的迷宫， “现代怪异”的mystery 志愿成为不足为道的小说家， 绪川董子和搭档的童颜细目的魔少年化野莲发起了挑战! 追求的是超自然知识和体力的胜负。 在解开这个小镇涌现出的数个怪异的二人前方等待的是…
在中、苗、公子开明、暗盟合力之下，杀魔之局，棋差一着，元邪皇再度现世，六绝禁地接连被破，九界灾劫逼在眉梢，俏如来众人该如何阻止千年之魔的脚步，挽救人世？沉于暗处的势力，蠢蠢欲动，他们究竟是正？是邪？而在海境，鳞王昏迷不醒，掀起了皇权变动，这将会带领鳞族走向何种未来，于此同时，远在东瀛，剑无极、西剑流、面对复仇的残忍联盟，亦将各自恩怨情仇中，开启新的篇章…
