第二季中,主角许星泽所在的京北附中篮球队在全国高中联赛中遭遇“死亡之组”，面对强敌环绕,晋级困难重重； 同时关于许星泽儿时偶像程枫的故事也逐渐展开,主角们面临关于梦想和友情的考验,他们将如何一起朝着共同的目标不懈努力、众志成城、超越自我呢?
《云奇飞行日记（第二部）》主要讲述云奇和一群新朋友一起在团团飞行学校发生的开心的事情和一些津津有味的故事。 云奇的梦想是做环绕世界一周的旅行飞行，截止目前团团机场还没有一架飞机去过世界的各个机 场，云奇决定成为团团机场第一架环游世界的飞机，但是大家都认为作为小型机的云奇在没有通过长距离和艰难航道的考试，环绕世界一周是不可能的，但是云奇认为他可以实现，云奇在为自己的环球飞行计划进行紧张的筹备，并选择在一天台风来的那天，大家无暇顾及他的时候开始进行环绕世界一周的旅行……但是，就像我们想象的那样，云奇被台风影响，陷入坠机的危机中。通过迫降，云奇终于回到了团团机场，但是从那天之后，云奇被暂停禁止飞行。环绕世界一周的计划失败了，云奇很不开心。看到云奇这个样子，团团机场的综合控制塔妮妮和团团机场的朋友们都很担心。最后团团机场的综合控制塔妮妮和云奇提了一个特别的约定——进入“团团飞行学校”能够通过最后的考试！
自上古大战轩辕大帝率领十二生肖神魂将战胜了蚩尤兵主后，便开启了轩辕纪元，以十二生肖族群为首的诸多种族生活在一起，各族属性不同，兽决迥异，虽有小摩擦，但也平静了上千年，直到一个叫灭神的组织出现。
十二生肖制服水灵后，得以归位掌管纪年。升仙后，玉帝为十二生肖请来天师，教授各种本领与知识。但十二生肖自恃立下汗马功劳便惰性又生，在天庭中过着自由散漫、不学无术的生活。这种情况被巡视天庭的二郎神逮个正着，并上奏了玉帝。恰逢旁朝进贡，玉帝得到一本天书，书中阐述的道理让玉帝大为震惊和赞同。为了让十二生肖能够帮助自己长久治理天地年轮，玉帝准备将十二生肖全部从“沉鱼落雁”潭打下凡尘。青云帝和墨颉得到消息后赶来为十二生肖求情，玉帝拒绝宽恕十二生肖的同时，同意了墨颉通过时盘记分的方式在十二生肖凡间领悟修行圆满时再召回的建议。
古神之地后，修魔内海永夜魔城一夜崛起，为拓展领地，不断对修魔海周边宗门下手，其中也包括了李慕婉所在云天宗。李慕婉在护门大战中身中奇毒，性命攸关，王林得知此事后，携其再次闯入修魔内海，王林以化神初期修为力战三大城主，名震修魔内海，带回解药救下李幕婉，却发现危机并未解决，千年阴谋浮出水面。最终凭借二人情愫及化神后首次与古神之身合体，联手斩灭魔尊。
