一心想成为幽灵猎人的天空寺尊于18岁生日时，收到来自十年前亡父生前所寄的幽灵眼魂（Ghost Eyecon）后，来自异世界的怪人——眼魔突如其来地出现在面前并盯上此物，甚至为救青梅竹马月村明里和御成而身亡。得到仙人的帮助之下而获得Ghost驱动器变身，成为假面骑士Ghost并得以九十九日短暂的生命复苏。为收集实现复活愿望的「15位伟人」眼魂，投身于影响世界命运的战斗中。
森波啰星球经过千百年的努力，如今已经成为一个科技发达，美丽且环保的星球了。故事的主人公名叫宝狄，它是安弥塔神族的后裔，宝狄和他的妈妈无忧无虑地生活在这个星球上。可是，突然有一天，潘百达的入侵改变了一切，宝狄被迫与妈妈分离，独自一人踏上了惊险刺激的奇妙之旅。
